Hvert år i november afholder DMS en kongres. Til kongressen inviteres både danske og udenlandske forskere, der har skabt spændende resultater indenfor forskellige mikrobiologiske områder. Samtidig udvælges der blandt indsendte abstracts fra forenings medlemmer også posterpræsentationer og korte mundtlige præsentationer. Programmet er inddelt i en række parallelle sessioner, der repræsenterer forskellige mikrobiologiske interesseområder.

DMS kongressen er en rigtig god mulighed for at møde forskere, udveksle ideer og blive opdateret om den nyeste viden indenfor forskellige mikrobiologiske områder. I pauserne mellem sessionerne er der mulighed for at besøge udstillingsstande, hvor forskellige firmaer fremviser det nyeste laboratorieudstyr.